眼看南北大战将至，在官场摸爬滚打二十年早已百炼成精的程德全明白江苏乃是冲突的核心地带，自己这个夹缝人物处在南北之间肯定左右为难，说不定还要遭受池鱼之殃，干脆宣布辞去江苏都督之职，北上就任内阁的交通总长。随后，代理鄂军都督的段祺瑞也将湖北军权匆匆交给南下的“干殿下”段芝贵，返京就任陆军总长。紧接着，前四川都督蒋志清也乘坐飞机来到京城。
这件事在后世的史书上被称作“三督入京”，标志着中央政府加强对地方的控制，清末民初喧闹一时的各省自治运动已经步入末路。
对于三督入京的原因，一般认为是孙元起与袁世凯在调整军事部署，准备对南方革命党采取雷霆一击。也有人认为这次人事调整的主要操作人是孙元起，其目的是在为即将到来的世界大战未雨绸缪——众所周知，孙元起对于国内外形势的判断可是首屈一指的，至少从现存史料上看还没有出现过大的纰漏。还有极少数孙元起的脑残粉顽固认为，三督之所以愿意入京，完全是孙元起的人格魅力所致，历史已经一再证明，跟着孙元起混才是最有前途的！
其实当初三个人进京都有些心不甘情不愿：江苏、湖北、四川在全国来说都是举足轻重的大省，可不像云南、贵州、广西那种边边角角，可以弃之如敝屣！而且执掌全省军政大权的都督与有名无实的内阁总长相比，可谓一个天上一个地下。但是他们各自都有不得已的苦衷。最终只能乖乖就范。
就拿蒋志清来说，原先四川治下有五千两三百万人，规模不亚于东西洋一大强国。加上山河阻隔，完全就是王霸之资。谁知他刚尝到都督的滋味，就被孙元起调到京中担任海军总长。海军有什么？十来个人七八条枪。总长完全就是聋子的耳朵——摆设！可他能有什么办法？如果再给他一两年时间，把军中连排以上的军官撤换一遍，或许可以借故推脱孙元起的传召。但现在不行。
现在四川民众还时刻铭记孙元起年前蠲免赋税的好处，军中骨干大半是以前从经世大学附属学校征召的学生，而且不知道杨度在巴蜀安插了多少钉子。如果他蒋志清胆敢抗命不遵。只怕过不了三五日，就会被擒送到孙元起面前。所以，尽管蒋志清心里十二万分不愿意。但还是强作欢颜，乖乖地与同样满腹牢骚的阎锡山完成交接，然后尽快赶赴京城。并且到京后顾不上休息，便立即去拜访自己的恩师孙元起。
后世有人曾评价蒋志清的军事才能顶多只能胜任一个步兵排长。但他玩弄政治阴谋的手段绝对是一等一的。这从他在治川一年多的表现中就可以看出来。见面之后，孙元起对于他的功绩也是大加褒赞。
随着两人谈话步入正途，蒋志清还是忍不住问道：“就学生所知，海军乃是极具技术含量的兵种，唯有科班出生并在海军中浸淫多年者才能胜任总长之职，诸如之前的萨鼎铭（萨镇冰）、刘子英（刘冠雄）皆是如此。学生虽然也是军校毕业，但所学乃是骑课，毕业后一直在陆军中历练。从没有与海军打过交道。不知先生为何委任学生为海军总长？”
孙元起知道蒋志清心里有怨气，当下笑道：“确实如介石所言。海军极具技术含量，普通人还真玩不转。好在如今咱们海军的家底已经被折腾得一干二净，只剩些三文不值二文的破铜烂铁，可以由着你们随意折腾，边学边摸索。都说‘外来的和尚会念经’，我很想看看介石你执掌海军之后，能不能独辟蹊径将中国的海军起死回生？”
蒋志清摇头道：“先生太抬举学生了！只是现在中国海军情况如此，恐怕神仙来了都无计可施！学生在赴京前曾大致了解了一下国内外海军的情况，不了解还好，至少心里还存有一丝希冀；了解情况之后，心中完全是万念俱灰！”
“哦？介石何出此言？”孙元起都是有些好奇。
蒋志清道：“学生仅说两组数据，先生就知道中国的海军是如何的病入膏肓。第一组数据是去年的各国海军现有舰艇的数量及吨位数。位居第一的是大英帝国，共有战斗舰、战斗巡洋舰、装甲巡洋舰、穹甲巡洋舰、海防炮舰、潜水艇等各式舰艇591艘，吨位数达到235万吨；位居第二的是德意志帝国，共有舰艇357艘，吨位数为115万吨；与我们一衣带水的日本排列第五，有各式舰艇189艘，吨位数为68万吨。