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促成孙中山此次北上的原因很多，但归根结底是与当前的政治局势以及孙中山对国家发展的个人认识有关。
当前的政治局势就是唐绍仪内阁已经走到了山穷水尽的地步，接下来该怎么办？以宋教仁为代表的同盟会狂飙突进，提出以后内阁应该为纯粹政党内阁。共和党则针锋相对，提出以后内阁必须继续采取眼下的混合政党内阁制。另一大党新中国党虽然目前意向不明，但参议院分裂已经粗见端倪。
共和党是当前参议院第一大党，同盟会则有后来居上的趋势，任何一方都有阻止议案通过的能力。如果两者在参议院内分裂对立，最直接的后果就是以后无论由谁组阁，提出的内阁人员名单都无法在参议院内获得通过。而现在中国又是实行责任内阁制，一旦现在的唐绍仪内阁倒台，新内阁名单又无法通过，国家将长期陷入无政府状态。
更要命的是，同盟会很明显带有南方革命党色彩，共和党则带有华中、华北的保守党色彩。两党的政见之争，很容易就演变为南北方的地域之争、权力之争。
对于袁世凯来说，他刚刚坐上临时大总统宝座不久，国家内则财力枯竭、外有列强逼迫，形势岌岌可危，可要想有所改变，必须先统一全国；而他渐次统一各省的计划此时才刚刚起步，对全国局势掌控还很薄弱，问题绝非一时所能解决。无论出于私心还是公心。袁世凯都不希望国家现在乱起来。
袁世凯心目中理想的政治体制是美国的总统制，即不设内阁总理，各部总长直接对总统负责。可是有同盟会作梗。他的理想一时半会儿实现不了，只能退而求其次，在责任内阁制上动动手脚，至少不能是同盟会希望的纯粹政党内阁。他自忖说服不了油盐不进的宋教仁，只好把游说的目标定在对同盟会有巨大影响力却又没有多少节操的孙中山身上，所以他极力邀请孙中山北上共商国是。
而孙中山呢？他在革命成功之后摇身一变成为了经济学家，觉得民族、民权两个主义因为清廷退位而得以实现。现在最要紧的问题就是实行经济革命，解决民生问题。眼下国弱民穷、外患不断，形势有如一团乱麻。任谁执政都会手足无措。如果妄图仅以政治手段加以处理，只会越弄越糟！如何解决这个问题？他这个半吊子经济学家认为，国家应该大力发展实业，从根本上解决国弱民穷的问题。使得民生充裕、国家富强。然后政治问题才能解决。说白了，这就是马教主“经济基础决定上层建筑”的扭曲表达。
可是眼下南北冲突、党争冲突，国内动荡不安，哪有适合实业发展的大环境？当他接到袁世凯邀请北上共商国是的电报时，孙中山觉得机会来了！
此外还有两个小原因，一是北京各政党已经到了分化联合的关键时刻，尤其是同盟会，已经与统一共和党、国民公党、国民共进会、共和实进会等党派谈好条件。准备举行合并仪式，改组成后世鼎鼎大名的国民党。在这发生重大变革的关键时刻。作为同盟会大佬，孙中山自然不能缺席。
至于第二个原因，就是孙中山寂寞了。在所谓的“民初五巨头”中，袁世凯是临时大总统，黎元洪是副总统，孙元起是教育总长，黄兴刚刚从南京留守的职位上退下来，唯有他孙中山是孤魂野鬼，从临时大总统职位上退下来的这半年多时间里，只担任挂名领空饷的全国铁路督办，除了在南方各大城市里发表几次演讲、接受几次采访，几乎在政坛上消失。如果再不到政治中心刷刷存在感，他就要被边缘化了。
但对于举行五巨头会议，各方反应也不尽相同。袁世凯与孙中山是一唱一和、一酬一答，显得异常热心。孙元起本人就在北京，对调和南北、避免冲突、发展实业的会议主旨颇为赞同，但对袁世凯的诚意却大为怀疑，对他的手段也怀有戒心。黎元洪身在武昌，对举行会议是乐观其成、乐见其效，但要他离开湖北参加会议，那就只有敬谢不敏了！反对最激烈的，反倒是黄兴。
黄兴反对参会不是没有理由的。他在担任南京留守的时候，曾有刺客数次要对他下手，幸好都被他多了过去。他怀疑这是袁世凯派来的杀手。因为袁世凯非常崇尚实力，认为孙中山这种空头理论家对他危害不大，难以对付的是自己这种实干派，所以迫切想要除去自己。只可惜没有确切证据证明这一勾当就是袁世凯干的。而且当时黄兴正在南京大刀阔斧地裁撤冗余军队，也有可能是那些被裁撤的军官士兵心怀不满，派人打黑枪来发泄怒气。