又过了几日，首先支持不住的是西善桥阵地，第四十一师原本装备就差了些，面对日军一零一师团和一个重炮旅团的强攻，再加上有日军飞机的助攻，官兵们死伤惨重，力拼了十余日，实在挡不住了，师长张振汉带着千余残兵退到了集庆门城墙。
进城后城内的宪兵却让四十一师余部继续上城墙阻击日军，师长张振汉忍不住跑到城防司令部来见王海涛。在指挥部内王海涛看着一身硝烟尘土的张振汉，张振汉带着哭音说道：“王司令，我的一个师拼的只剩千余人了，与小日本死拼了十来天，你就让弟兄们喘口气吧！”
王海涛叹了口气说道：“张师长，我也知道四十一师的弟兄们尽力了，可是现在城里实在没有部队能顶上去了，而且西善桥一丢，日军就能直达南京城下，你就眼看着日军攻进城吗？这样，你让弟兄们再坚持一下，我只要手上有兵就去换下你们。”
张振汉也知道城内的情况了，只能叹了口气离开了城防司令部。在四十一师上城墙布防后，日军第一零一师却没有直接向集庆门这里进攻，或许第九师团在集庆门下被全歼，让第一零一师团心有余悸吧。第一零一师团在攻占了西善桥阵地后，转向牛首山阵地后方。
第五十八师在牛首山阵地上其实并没有遇到日军强有力的进攻，第一零一师团只是用一个联队在对牛首山阵地进行牵制。可当第一零一师团攻占了西善桥阵地后，向牛首山阵地后方绕了过来时，五十八师师长冯圣法却慌了神。
冯圣法连忙向王海涛发去了请求撤退的电报。接到电报的王海涛考虑到再死守牛首山阵地己没有意义了，再加上城内实在过于空虚，所以也同意了五十八师撤回城内，转到集庆门、水西门两处城墙驻防。五十八师刚撤回来，五十一师也丢了淳华镇，全师余部在师长王耀武的指挥下退守高桥门城墙和城外的天王寺高地。
这二处一撤，雨花台阵地就由凹陷部变成了凸出部，日军可从三个方向合攻雨花台阵地，这种情况下王海涛电令九十二师后撤，留一个旅守卫中华门，另一个旅守雨花门，炮营在中华门城墙内建立炮兵阵地。
外围阵地全部失守后，只能以南京的城墙为最后的阵地了。日军在南京城下会师后，由第三师团和独立重炮旅团攻击中华门城墙，一零一师团攻击集庆门城墙和水西门城墙，第二十二师团以一个旅团攻击高桥门城墙，另一个旅团攻击雨华门和卡子门城墙。
南面的日军攻到了南京城下，东西的日军却被挡在紫金山和栖霞山下。紫金山这里是守军实力最强的，无论是九十师的二七一旅还是教导总队的三个团，都是足以让日军头痛之极的部队，日军的第十六师团虽然得到了补充，但是只凭一个师团之力是无法攻下紫金山北高峰阵地的。
只是日军的飞机不断的在向北高峰阵地进行轰炸，北高峰阵地上只有二十余挺高平两用双联重机枪是可以真正当做防空武器来用的，虽说武器很先进，但也架不住日机数量的众多，在经过了十余日的拼杀后，是打下来了数十架飞机，但二十门高平两用双联重机枪也只剩下五门完好的了。没有了对空武器的掩护，重炮也不敢轻易使用，否则一但被日军飞机发现，这些先进的重炮就会毁于一旦。
得知情况的王海涛亲自抽空上了一趟北高峰阵地，把损坏的高平二用双联重机枪和二十门一三零重炮都收进了储物戒指，然后让二七一旅撤了下来，在中山门城墙防守，而驻守大茅峰的教导总队二个团也全部撤回城内，城外只留下靠近城门的天堡城的那个团不动。
二七一旅撤回来了，守卫栖霞山的四十八师也接到了撤退的命令，四十八师撤到尧化门城城继续阻击日军，原尧化门驻守的八十七师一部回到燕子矶外围防守燕子矶阵地。因四十八师在栖霞山阻击了日军十余日，损失不小，王海涛特意调了二个中队的民兵上来助战。
南京城的守军以城墙为屏障，据城而守，而日军在攻击了几个月后也总算攻到了南京城外，双方都在调整兵力，休息一下，准备做最后一搏，南京城有了难得的安静。此时王海涛的手上除了警卫营总算是有教导总队的二个团做预备队了。
这份安静被燕子矶前的枪炮声打断了。日军的长江舰队急于切断南京守军过江的通道，因此又一次对燕子矶炮兵阵地发起了攻击，前来的不仅是军舰，而且还有四千人的海军陆战队。这四千人的海军陆战队是日军运输舰运到离燕子矶几公里的江边后上岸的，他们的目的就是攻占燕子矶的炮兵阵地，因为陆战队缺少火炮，还特意派出了一个飞行战队前来助战。