日军的长江舰队在费了九牛二虎之力后，终于打通了镇江至南京这一段长江航道，随后日军以轻巡洋舰那珂号为旗舰，以轻巡洋舰由良号、驱逐舰滩风号、弥生号、矶破号、浦破号，以及十余艘小型炮舰组成了长江舰队从镇江逆流而上，在龙潭镇旁的江面上，用舰载重炮对着龙潭镇进行了炮击。
守在龙潭镇的八十八师二六二旅，猝不及防之下在日军舰炮下死伤惨重，而日军第十八师团用补充后重建的二十三旅团，对炮击后的龙潭镇发起了猛攻。守在宝华山上的二六四旅有心救援龙潭镇，一是天上日军飞机正在对空华山阵地进行轰炸，二是第十八师团的第三十五旅团死死的封住了下山的通道。
八十八师师长孙元良见实在挡不住日军的攻击后，只给南京城防司令部发去了一封龙潭镇已失守的急电，就带着二六二旅仅剩的几百名官兵向栖霞镇撤去，守在宝华山上的二六四旅成了一只孤军。旅长高致嵩见自己的二六四旅已无路可退，便在宝华山上与日军拼死一博。
日军的三十五旅团在飞机和重炮的协助下，付出了沉重的代价占领了宝华山阵地，二六四旅的官兵与日军拼到了最后时刻，在主峰阵地上打光了子弹的旅长高致蒿领着一百多名官兵与日军展开了肉博战，最终二六四旅除了二十几名重伤员被日军俘获后杀害，其余官兵自旅长高致蒿以下全部壮烈殉国。
日军第十八师团在龙潭镇休整了二天后，继续向栖霞镇发起了进攻。栖霞镇上并没有守军驻防，四十八师的阵地是设在栖霞镇后面的栖霞山上的。栖霞山是紫金山的延续，本来是九十师分兵驻防的，在四十八师到达南京后，王海涛就安排四十八师接手了栖霞山阵地。
栖霞山上也有江宁要塞的一个炮台和沿山脉修建的国防工事体系，经过几个月的加固修筑之后，这里的工事已成了一个防御工事体系，凭借地势险要，这里也成了南京城外最后的一道屏障。军长代师长徐源泉在一个月前就把栖霞山阵地交给了副师长马登瀛和参谋衣丁冶磬二人，自己则回到南京市内的军指挥部内了。
马登瀛和丁治磬二人知道栖霞山阵地的重要性，而且王司令长官也严令栖霞山阵地决不能丢，否则日军突破了栖霞山阵地进入南京城后，就可沿江直扑下关码头，切断十几万南京守军的后路。正因为如此，二人对栖霞山阵地的修筑是不惜余力的。栖霞镇的百姓己全部迁出，镇内的建筑几乎全部拆了用来修建阵地，而栖霞镇只放了一个连的部队，起到了一个预警的作用。
八十八师余部到了栖霞镇后，喘了口气就直接进城了，可是龙潭镇失守的消息也由士兵报告给了四十八师的师长马登瀛。马登瀛立刻下令让四十八师全师做好战斗准备。孙元良一身硝烟的来到南京城防司令部后，见到王海涛第一句话就是：“王司令，卑职没能守住龙潭镇，有负王司令重托，请王司令处罚。”
对于孙元良这样的蒋系亲信将领，王海涛又如何能处罚他，王海涛说道：“孙师长言重了，丢失龙潭镇也非孙师长之过，日军飞机、重炮加上大口径舰炮都用上了，实在是实力上优势太大了，你一个师挡不住日军也是情理之中。”
听到王海涛这样说，孙元良的心里也好过了不少，王海涛接着说道：“孙师长，你们八十八师经此一役也是损失惨重，你先带着师里的官兵休息一下吧，待我向重庆汇报后再决定八十八师的后面之事。”孙元良也只能无奈的离开了，王海涛这里又将面临栖霞山阵地守卫的问题。
说实话王海涛对四十八师是有些不放心的，栖霞山阵地后面就是尧化门城墙，这里也算是南京市区的最后的屏障了，尧化门这段城墙并不是很坚固，虽有八十七师的一部在驻防，但这里是易攻难守的地型，能否守住南京城就要看四十八师的了。
不过为了预防万一，王海涛还是把民兵第二大队给调到了离尧化门城墙不远的聚宝山下驻扎，这样到了关键时刻，可以用民兵第二大队支援八十七师。教导总队的一个团也一同调到了聚宝山下。不过这样王海涛手上可是无兵可用了。
王海涛下令给萧令山，让他把因工厂关闭后失业的工人以及城里的青壮组织起来，成立民兵第三大队，训练之事仍交给教导总队。这个民兵第三大队所用武器全部用缴获的日式武器，要教导总队抓紧把这个民兵第三大队也训练出来。
日军的长江舰队在帮助第十八师团夺下了龙潭镇之后，再次逆流而上，可是当舰队来到燕子矶江面时，再次遭到了燕子矶上重炮炮台的炮击，双方展开了数个小时的炮战。德制一五零毫米口径重型榴弹炮不仅射程远，准确性好，而且威力也不错，几个小时的炮战让日舰吃到了苦头，不仅是二艘驱逐舰受伤，还有一艘炮舰被击沉，长江舰队无法通过这里的江面，只有退了回去。